En 2022 bajo el mando de Hernán Darío Herrera el equipo lograría su estrella 17, el verde se clasificó para los cuadrangulares del torneo apertura como tercero del todos contra todos con 36 puntos, ocupó el cuadrangular A junto a Millonarios, Junior de Barranquilla y Atlético Bucaramanga terminando primero de su grupo con 12 puntos y clasificándose para la final en la que vencerían al Deportes Tolima 3-1 en la ida en el Atanasio Girardot perdiendo la vuelta 2-1 en el Estadio Manuel Murillo Toro pero superando a su rival en el global 4-3, ganando así su título de liga número 17, y clasificándose para la Copa Libertadores 2023 . Luego de algunos traspiés y un tiempo en Segunda, regresó al circuito superior en 1974 y, un año más tarde, la entidad compartió la fundación de la Federación Metropolitana de Balonmano junto a otras 17, siendo la reunión clave en Avenida La Plata. En el año 2018, se enfrentarían en la final que enfrenta al campeón de Liga y de copa, disputando la Superliga de Colombia en doble partido, donde Millonarios obtendría el título en el Estadio Atanasio Girardot.
En la Copa Libertadores 2019 cayó en la segunda fase ante Libertad por penales por 5-4 después del empate por 1-1, pero pudo disputar la Copa Sudamericana 2019, en donde cayó en la segunda fase ante Fluminense en la segunda fase por un global de 4-2, perdiendo 4-1 en la ida, y 1-0 en la vuelta. En La Copa Libertadores clasificó a la fase de grupos tras vencer a Club Libertad y Club Guaraní en las fases 3 y 2 respectivamente, en la fase de grupos compartió grupo con Nacional de Uruguay, Argentinos Juniors y Universidad Católica de Chile. Finalizando así a 27 años de todo un proyecto televisivo que iniciara en 1968 con «Los Supergenios de la Mesa Cuadrada» seguido 2 años después en 1970 con la primera fase del ya mencionado programa. En la década de 1970 adquiere un terreno de grandes dimensiones en el acceso norte de la ciudad, este lugar estaba aún prácticamente deshabitado y alejado del casco urbano de San Carlos pero con el paso del tiempo con el crecimiento de la ciudad, este predio quedó ubicado en un lugar privilegiado al lado del acceso más importante de la localidad, a metros del arco de entrada.
En la Copa Mundial de Clubes 2016 logró el tercer lugar ante el América de México, ganando en la definición por penales, tras empatar 2-2. El 10 de mayo de 2017 Nacional logró ser el primer campeón para Colombia de la Recopa Sudamericana, se disputó entre el campeón de la Copa Libertadores 2016, Atlético Nacional y el campeón de la Copa Sudamericana 2016, Chapecoense. Tras una reunión del secretario general de la FIBA, William Jones, durante el Europeo de 1957 de Bulgaria con representantes de cinco de las confederaciones nacionales: Bora Stanković por Yugoslavia, Raimundo Saporta por España, Robert Busnel por Francia, Miloslav Kriz por Checoslovaquia, y Nikolai Semashko por la Unión Soviética, fue aprobada en la segunda conferencia a finales de año, que tuvo lugar en la ciudad de Gauting de la República Federal Alemana. En la final de la liga, el partido de ida durante los primeros 45 minutos fue dominado por Independiente Medellín en su primera parte, se imponía 1 – 0, el panorama para Santa Fe era oscuro pues adicionalmente Omar Pérez, el 10 cardenal salió obligadamente del campo para el segundo tiempo por una lesión en su talón izquierdo.
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