El conjunto colombiano forzó al equipo italiano a un extratiempo prolongado al máximo, hasta el tiro libre cobrado por Alberigo Evani al minuto 119 que le dio la victoria al equipo italiano. El miembro del Salón de la Fama Scottie Pippen y el entrenador Phil Jackson no fueron los únicos miembros que llevaron al equipo a la victoria. Hay que mencionar también su participación en la Supercopa Sudamericana, donde llegó hasta octavos de final, siendo eliminado por el Cruzeiro E. C. de Brasil, empatando 1-1 en Medellín y cayendo goleado por 8-0 en el partido de vuelta en Belo Horizonte. La semifinal tuvo a Nacional enfrentándose contra el River Plate de Argentina, al cual venció 1-0 en Medellín con un gol de René Higuita de tiro libre. El partido de vuelta, en Buenos Aires, River venció a Nacional 1-0, camiseta raptors pero los verdes pasaron a la final mediante los penales. River Plate, en ese nombre, de tan dulce vibración, hay un eco que estremece y agiganta el corazón.
Al final, los rojos del Valle fueron los campeones, superando por un punto de ventaja a Nacional, que tuvo que conformarse con el subtítulo. El juego finalizó 2-0 a favor de Atlético Nacional, teniendo que definir la copa por penales. Nota: la tabla indica los clubes descendidos en la temporada indicada y los clubes que ascendieron para la siguiente temporada, es decir, aquellos que en la temporada indicada ganaron el derecho de participar en la LNB. Luego del paso del Unión Meta en la temporada 2000, se realizó una serie de reformas estructurales al escenario deportivo, principalmente en la tribuna occidental. Argentino de San Carlos es una de la instituciones fundadoras de FESANPDYL (Federación Santafesina de Pesca Deportiva y Lanzamiento), una de las federaciones más ganadoras del país. Además, el equipo fue adquirido por la Organización Ardila Lulle, de propiedad del empresario colombiano Carlos Ardila Lülle. Atlético Nacional se convirtió, con esta conquista, en el primer equipo conformado únicamente por jugadores colombianos campeón del fútbol local, todos los demás, incluido el Verde Paisa, habían tenido -desde 1948- al menos un extranjero en su plantel. Atlético Nacional de Medellín había sido coronado en 1989 como campeón de la Copa Libertadores de América, y en el mismo año Pumas de la UNAM como ganador de la Copa de Campeones de la CONCACAF, por lo tanto se enfrentaron el 25 de julio de 1990 en Medellín dejando como ganador al verde 2-0. Siete días después en el partido de vuelta en la Ciudad de México, Nacional volvió a triunfar, esta vez 4-1. En el resultado global, Nacional le ganó 6-2 a Pumas de la UNAM.
Un año gris para el equipo. Atlético Nacional se impuso 5-4, Leonel Álvarez cobró el último penal ganando así Nacional su primera Copa Libertadores de América, con una sobresaliente actuación del portero René Higuita, quien detuvo 4 cobros del equipo paraguayo. Costeños y paisas sacaron de los dos puestos de honor a Nacional y América, quienes llevaban tres temporadas repartiéndoselos. El mismo año año debía participar en la Supercopa, pero fue forzado a renunciar por una sanción de la Conmebol tras un partido de la Copa Libertadores de ese año contra Vasco da Gama a raíz de las amenazas telefónicas recibidas por el árbitro Juan Daniel Cardellino antes del partido Atlético Nacional 2 – Vasco da Gama 0. Dicho encuentro fue anulado y posteriormente vuelto a jugar en el Estadio Santa Laura de Santiago de Chile. El último enfrentamiento con su rival de patio, le dio el título, con gol de Juan Pablo Ángel.
No participó en la Copa Libertadores de 1994. Disputó una vez más la Supercopa, en donde Nacional quedó eliminado en la primera fase, nuevamente a manos del São Paulo F. C. brasilero, cayendo 0-2 en el Atanasio Girardot y un empate a un gol en el «Morumbí». En el partido de vuelta jugado en El Campín, terminó con empate a un gol y nuevamente venció a los azules en los cuartos de final del certamen continental. En 1990 Atlético Nacional llegó a la semifinal de la Copa Libertadores, instancia en la que fue eliminado por el Olimpia de Paraguay, equipo al que un año antes había vencido en la final del mismo certamen. En la Supercopa de ese año ocurrió una eliminación en cuartos de final frente al Independiente de Avellaneda. La Copa Libertadores de 1993 resultó la más floja de las seis que jugó en siete años (de 1989 a 1995), pues Nacional fue eliminado en octavos de final frente a la Universidad Católica de Chile, perdiendo 2-0 en Chile y ganando 2-1 en Medellín. Nacional terminó séptimo en el torneo Apertura, ya que se encontraba disputando la Copa Libertadores. En la Copa Libertadores comenzó disputando el grupo 3 con los australes de la Universidad Católica y la Universidad de Chile, y con Millonarios F. C. de Bogotá.
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