Rocha vio su segunda cara en el Torneo Clausura, ya que no pudo repetir la gran campaña del Apertura y finalizó en la posición número 15.º de 17 participantes, camiseta bayern con solo 12 puntos. En el Torneo Clausura, Si bien Defensor Sporting finalizó en la cuarta posición con 31 puntos (misma cantidad que Liverpool (3.º) y Nacional (5.º) ordenados por diferencia de goles), le alcanzó al violeta para ganar la Tabla Anual. Sin embargo, Defensor Sporting, que también estaba clasificado a la Copa Libertadores, camiseta de fútbol decidió afrontar la doble competencia sin alternar jugadores. Espero, sin embargo, que algún día tendré ocasión de utilizar los abundantes materiales reunidos por Marx y por mí para la historia de aquella gloriosa etapa juvenil del movimiento obrero internacional. El campeonato que cortó con la hegemonía fue el torneo de 2013-14, el cual fue conquistado por Danubio con la particularidad de ser el primer campeonato uruguayo de la historia en ser definido por dos equipos chicos. Defensor Sporting logró su cuarto Campeonato Uruguayo en el campeonato 2007-08. El violeta demostró un gran nivel, con jugadores como Diego de Souza, Pablo Gaglianone, Martín Silva, Tabaré Viudez o Sebastián Fernández.
Su afán por el arco rival generó varias goleadas abultadas, algunas de las más recordadas fueron contra Peñarol (6-3), Danubio (5-1), Rampla Juniors (7-0, la más amplia), o Defensor Sporting (5-1). Sin embargo, tenía problemas para cerrar los resultados en partidos importantes, al buscar anotar a pesar de ya ir en ventaja. En dicho período, tuvo que pasar por constantes fracasos; en los torneos cortos solo ganó el Clausura 2008, en tanto que su tradicional rival ganó ya 3 Campeonatos Uruguayos, en 2005, 2005-06 y 2008-09, el Clausura 2006 y el Apertura 2008. En algunas ocasiones tuvo que sufrir algunas goleadas, cuando visitó a Liverpool en Belvedere por el Clausura 2004 (0-4), en el mismo campeonato frente a Danubio (1-5), las que también Danubio le propinó en el Apertura 2005 (2-7), y en el Apertura 2006 (1-4), River Plate en el Apertura 2007 (3-6) o en el clásico ante Nacional en el Apertura de esta misma temporada (3-0). Además del citado partido ante Nacional, Peñarol tuvo una racha muy adversa en clásicos, disputándose desde el 2003 hasta el 2010 un total de 27 clásicos, (oficiales y amistosos) con 6 victorias para el carbonero, 13 victorias para el albo y 8 empates.
El aurinegro se quedó con el campeonato 2009-10. A pesar de que el bolso ganara el Torneo Apertura, el aurinegro gana el Torneo Clausura y vence a su tradicional rival en las finales. En el Torneo Apertura, Peñarol llegó con 33 puntos a la última fecha, dos puntos de ventaja sobre Danubio, quien venía de conseguir un solo punto en las dos fechas anteriores, por lo cual el empate le bastaba al manya para ganar el título. Para el Torneo Clausura, casi la mitad de sus principales jugadores se fueron del club, y pese a no poder mostrar el mismo juego que en el Apertura, Danubio volvió a pelear el campeonato, estando en varias fechas como puntero y en la penúltima fecha asegurando la Tabla Anual. Peñarol tenía la ventaja de la Tabla Anual, pero no la pudo aprovechar pues Nacional se quedó con el clásico ganando por 2 a 0, con doblete de Santiago García.
No obstante, Nacional terminó consagrándose campeón del Torneo Clausura (con 38 puntos) y de la Tabla Anual (con 69 unidades), por lo que accedió a las finales con Rocha. Luego de los incidentes en Jardines del Hipódromo frente a Danubio en el Torneo Apertura 2008 correspondiente a la temporada anterior (2008-2009), a Nacional se le descontaron 3 puntos para el Torneo Apertura de la temporada siguiente (2009-2010). Pero a pesar de esto Nacional sorprendió al volver al ganar este torneo, quedando primero con 36 puntos e incluso con una diferencia de 7 puntos respecto al segundo del torneo que fue Liverpool. Danubio, dirigido por Gustavo Matosas, repitió lo logrado por Nacional en 1998, al consagrase Campeón Uruguayo (a tan solo 3 años de obtener el título en 2004) en la temporada 2006-07, ganando los Torneos Apertura y Clausura en un mismo campeonato y obteniendo tres títulos en toda la temporada. A su vez, desde el campeonato 2016, quien obtenga el título portará la «Insignia del Campeón Uruguayo», que consiste en un logo conmemorativo en color plateado. Durante el desarrollo del Apertura se dio uno de los partidos más recordados del fútbol uruguayo en las últimas décadas, entre Peñarol y Danubio.
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