En 1992 un grupo de socios, entre los cuales se contaban a Rubén Guerrero, Hugo Rodríguez y Carlos Pérez decidieron solicitar respaldo económico en el empresariado del gremio autobusero de la V Región, Entre ellos se encontraban Ronald Parada y Reinaldo Sánchez, siendo este último quien asumió el cargo de presidente el 2 de octubre del año 1992, camisetas fútbol y quien junto a su directiva inyectó los recursos necesarios para la continuidad del club. En 2007 el gremio autobusero renunció a la administración del club y Reinaldo Sánchez solicitó ante la justicia la quiebra del club por una deuda de 170 millones de pesos. El Valencia dejó en 22 partidos la tremenda racha de un Real Madrid que tendrá en pocos días otro partido que se presenta con una intensidad similar, ante el Atlético de Madrid en el Calderón. Hacia los años 1980 el club entró en una severa crisis institucional, la cual junto a los malos resultados en al ámbito deportivo conllevaron a que en 1991 el club corriera serio riego de desaparecer ante su inminente descenso a tercera división.
Esto, sumado a un gran déficit monetario que arrastraba el club desde su paso por la Asociación Central de Santiago en 1937, durante la cual tuvo que costear su permanencia en la capital al impedírsele ejercer como local en Valparaíso, provocó una severa crisis económica que puso en peligro la existencia del club. Esta solo pudo ser superada en 1943, año en el cual los dirigentes decidieron desafiliarse de Asociación Porteña e ingresar nuevamente a la Asociación Central con el objetivo de aumentar los ingresos del club. La rivalidad con Everton comenzó a gestarse hacia la segunda mitad de los años 1930 y se vio intensificada con el traslado de Everton a Viña del Mar, camiseta valencia centenario separada a solo 9 kilómetros de Valparaíso. Esta tendencia comenzó a romperse durante la década de los años 1970, en la cual Everton consiguió una racha de 7 victorias consecutivas, lo que le valió lograr una ventaja en el balance histórico que mantiene hasta la actualidad. La última vez que Wanderers logró tener ventaja en el historial de enfrentamientos por primera división fue en 1970. El primer encuentro en el fútbol profesional aconteció el 9 de julio de 1944 con triunfo de Everton por 2 tantos a 0. En las décadas siguientes existió una paridad casi absoluta entre ambos equipos registrándose entre 1944 y 1972 65 encuentros por Primera División con 23 triunfos de Wanderers y 24 de Everton.
La resolución número 1309 de la AFA dispuso que todo equipo afiliado indirectamente a la entidad que llegara a las instancias finales de un torneo Nacional 2 veces en un lapso de 3 temporadas consecutivas, pasaría a jugar el Metropolitano, por ese entonces el torneo regular de Primera División. La canción estaba dedicada al plantel de ese año, y tenía cuatro estrofas. Finalizado el primer torneo de ese año se lograría el objetivo de no descender. Durante el año 2007 el club se encontró inmerso en una pugna entre dos facciones: quienes deseaban convertir al club en una Sociedad Anónima Deportiva y quienes deseaban conservar al club como una corporación sin fines de lucro. Su autor lo tituló como «The First in the Field», y fue interpretado por vez primera el 25 de octubre de 1913, en la fiesta organizada para entregar los premios anuales, celebrada en un salón de la Sociedad José Francisco Vergara.
Su regreso a la Primera División comenzaría con una derrota 3-0 frente a Universidad Católica, Sin embargo, el cuadro caturro se mantendría firme y al final del campeonato, lograría quedar en la posición 11 de 18 equipos. En el Estadio Luigi Ferraris el Oviedo cayó a cinco minutos del final por 3-1, con goles de Skuhravy (2) y Caricola para el Genoa y de Carlos para el Oviedo y tras una discutida actuación del árbitro alemán Schmidhuber, que expulsó al oviedista Lacatus y perdonó entradas muy duras a los italianos. En la siguiente temporada, el club consigue traer de vuelta a David Pizarro y a Carlos Muñoz, a pesar de esto, el equipo no consiguió superar la primera ronda de la Copa Sudamericana, a pesar de la mala campañan internacional, el club logró ubicarse en la 8.ª posición del Apertura 2015, semestre que culminó con el finiquito de Emiliano Astorga y un incidente entre las hinchadas de Santiago Wanderers y Colo-Colo, en el siguiente semestre, el club logra la 6.ª posición del Clausura 2016, semestre en el que el decano fue dirigido por Alfredo Arias, logrando ingresar a la liguilla pre-sudamericana, en la cual fue eliminado por O’Higgins en la final con un marcador global de 1-0. En la siguiente temporada el club se muestra muy irregular y estuvo al borde del descenso, además se vio en una profunda crisis económica luego de que el principal accionista, Nicolás Ibáñez, decidiera dejar de prestar apoyo al club y solicitara la devolución de mil millones de pesos.
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